Dnia 13 maja 1997 roku dekretem Księdza Biskupa Diecezjalnego Jana Bernarda Szlagi została erygowana parafia Matki Boskiej Fatimskiej w Chojnicach, a jej pierwszym proboszczem został ks. Wiesław Madziąg. Uzyskano zgodę na budowę tymczasowej kaplicy. 13 października 1997 roku w rocznicę ostatniego objawienia się Matki Bożej w Fatimie została odprawiona pierwsza Msza Święta pod przewodnictwem Jego Ekscelencji Księdza Biskupa Jana Bernarda Szlagi w nowo wybudowanej kaplicy.

W roku 1999, po zatwierdzeniu projektu budowy kościoła autorstwa  Pana Bazylego Domsty, rozpoczęto budowę części kompleksu mieszkalnego dla kapłanów. Prace zakończono w 2000 roku. Księża wprowadzili się w roku 2001. W maju roku 2002 przystąpiono do robót ziemnych pod budowę głównego kościoła. 13 października 2003 roku Ksiądz Biskup Diecezjalny Jan Bernard Szlaga dokonał uroczystego wmurowania kamienia węgielnego pod budowę kościoła. Rok Później tj. 13 października 2004 roku Jego Eminencja Kardynał Jose Saraiva Martins pobłogosławił kościół dolny i uroczyście wprowadził relikwie Świętego Ojca Pio. Z dniem 22 maja 2005 roku wszystkie czynności liturgiczne sprawowane są już w dolnym kościele pod wezwaniem Świętego Ojca Pio.

W 40 rocznicę śmierci Świętego Ojca Pio tj. 23 września 2008 roku uroczyście wprowadzono relikwie pierwszego stopnia świętego stygmatyka z Pietrelciny. 

Po śmierci Ks. Wiesław Madziąga, Ksiądz Biskup Diecezjalny Ryszard Kasyna 20 czerwca 2013 roku mianował Ks. Tomasza Mońko administratorem parafii a następnie dekretem z dnia 1 grudnia  proboszczem parafii.